厦门林姓总人口13余万人，主要流派为九牧、阙下两大派系。阙下由安溪而入同安，多居同安西部，阙下派又分金紫、银紫两系。九牧由晋江等地迁入厦门各区，其中成族聚居的有7个街道，56个自然村。

1、阙下金紫系

唐末乾宁五年（898）林一郎由永春大杉林保移居安溪依仁里西头（莲兜美）。传七世仲麟生五子曰：敬宗、度宗、庆宗、美宗、安宗。四子美宗于南宋宝庆元年（1225）入居同安潘涂，为潘涂林家始祖。美宗生四子：长真虎住亨泥（今潘涂），次真应住山头（今西柯镇下山头），三伯晋住浦头（西柯镇浦头），四元成住窑山（西柯镇瑶头）。同安美宗派系今分衍17个族居村，人口20000多人，望族主要村庄有：同安区西柯镇潘涂、下山头、瑶头、浦头、美星、后田，大同街道铜鱼馆，莲花镇内田；思明区前埔，集美区灌口镇坑内，杏滨街道前场、铁山，杏林街道内林；翔安区马巷镇黎安田边、西炉，新店镇山、浦园；湖里区高崎。

2、阙下银紫系

阙下宋九牧景渊之孙发旺肇基大田梓溪。其裔孙于南宋淳祐十年（1250）迁居安溪柏业（俗称白叶），其灯号银紫。柏业派下6世孙林朴翁移居官桥赤岭，生五子，孙枝繁衍。至明朝初期，林师生自赤岭肇基于同安官浔，为官浔派始祖。

柏业五世林安寿，明洪武年间肇基安溪桂窑（即桂林）。七传至林天春，嘉靖年间由桂窑移居汀溪堤内；明代中期桂窑系林朝义、朝礼、朝信兄弟肇基马巷井头村；清乾隆年间，林寄自桂窑来到麝圃山头（今垵山），与原住之林氏（希元族裔）宗亲族居。柏业大坪始祖至八世林楷，移居山前村。又传四世林联世，其长子侯帕自山前移居同安在坊里溪边。

3、九牧长房林苇派

林苇裔孙林可征自澄誗徙居长寿社，可征之子永又迁居莆田前埭。永之孙林国华（闽林二十四世），居厦门岛五通店里，为店里始祖。林国华四世孙林蓒有孙六：桂、礼（居海沧囷瑶后山尾）、文（居高林）、仁（居莲山头）、义（居洪塘）、德。林桂生三子，长子俨仍居禾山店里；次子侯，洪武三年（1370）移居同安琼头；三子伦居新店山山头。宋中叶，居住厦门店里的实（三十一世）、诚（入赘窗头洪姓）二兄弟开辟马巷城场，林实为城场始祖。

明朝洪武年间，另一支林苇派裔孙林子源从莆田北螺迁徙到三都海沧囷瑶落户。囷瑶的裔孙分三大房，延蕃至28代。

4、九牧二房林藻派

林藻无子，以兄三子林惠为继子。林惠生6子，其三子林翘于唐乾符三年（876）登第，任晋江令，有政绩，吏民称颂。缘事巡南，见晋江马坪山川聚秀，有东牛、西龟、南台、北印四石奇迹，喜其形胜。晚年岁逢丙辰（896）择居于此，雅称锦马。

锦马七世林励，北宋时徙居厦门嘉禾塔头，为厦门塔头始祖。锦马七世林勤，宋中叶移居于马巷黎安田边，称龙田派。属龙田派裔孙的村庄有：翔安区马巷镇马巷街、黎安田边、舫阳古垵、西炉、罗山，内厝镇前垵下沙溪。

锦马世系林孙极之次子林怿（闽林二十四世）北宋时任同安椽吏，居东市，为东市林家始祖。马坪世系有一支徙居南安溪南上厅，再定居前宅村（今属内厝镇鸿山村）。

5、九牧八房林迈派

林迈生子林愈，为长乐始祖。林迈11世孙林迪卜居龙溪文山后，再传至15世林绍祖，徙居漳浦玳瑁山下藩岭，再至17世裔孙林琼宗，系南宋咸淳四年（1268）进士，元初避乱移居龙海白水镇屿头村。林琼宗生四子：大房天有居屿头；二房天用偕子紫芝、逸叟徙居浮宫溪头；三房天福明代洪武年间，开基海沧锦里；四房天禄迁徙漳浦乌石（另一说迁徙云霄）。

林天福裔孙定居锦里后至六世分派五大房，已蕃衍至28代。其6世孙林振盛移居杏林锦园（集美区），成为旺族。属锦里林主要村庄有：海沧区锦里，集美区锦园。

6、九牧九房林裭派

据长泰山重院内《林氏族谱》记载，宋太平兴国四年（979），林肇昌由三山（今福州）徙居长泰回龙院，为纪念祖地，遂命名居住地为三重。数传至八世“子孙未甚繁也”，其后谱牒未详。逮至宋末，复有林裭派后裔林悫斋（勤业）由仙游竹塔巷来居余坂，再迁塘边，分派长泰诸村社，被奉为长泰开基祖。明朝末年，悫斋曾孙林子用奠基庄江（今海沧鼎美）。其一支裔孙居东瑶分二大房，已传至23代；另一支分衍灌口上塘。